Gübrenin doğru bir şekilde ahırın içinden sıyrılması ve uygun bir yerde depolanması, gübre yönetiminin en önemli ve ilk adımını oluşturur. Ahır içerisinde biriken hayvansal gübre, zamanında ve düzgün şekilde uzaklaştırılmadığında hem hayvan sağlığı hem de insan sağlığı açısından ciddi sorunlara yol açabilir. Gübre birikimi, ahır ortamında kötü koku oluşmasına, zararlı gazların (özellikle amonyak ve metan) artmasına, sinek ve diğer zararlıların çoğalmasına neden olur. Bu durum hayvanların solunum yollarını olumsuz etkileyerek verim düşüklüğüne, stres artışına ve hastalıklara zemin hazırlar.

Ahırdan sıyrılan gübrenin uygun bir yerde depolanması ise çevre kirliliğinin önlenmesi açısından büyük önem taşır. Kontrolsüz bir şekilde çevreye bırakılan gübre; yer altı ve yer üstü sularının kirlenmesine, toprağın dengesinin bozulmasına ve kötü kokuların yayılmasına neden olabilir. Bu nedenle gübre, sızdırmaz, yağıştan etkilenmeyen ve çevreye zarar vermeyecek şekilde planlanmış depolama alanlarında muhafaza edilmelidir.

Ayrıca doğru depolama, gübrenin tarımsal amaçlarla daha verimli kullanılmasını sağlar. Besin maddeleri kaybolmadan korunur ve uygun zamanda, uygun miktarda toprağa uygulanabilir. Böylece hem bitkisel üretimde verim artar hem de kimyasal gübre kullanımına olan ihtiyaç azalır. Sonuç olarak, gübrenin ahırdan doğru şekilde uzaklaştırılması ve uygun koşullarda depolanması; hayvan refahı, çevre sağlığı ve sürdürülebilir tarım açısından gübre yönetiminin temelini oluşturur.